При болезни Крона клиническая симптоматика имеет очень много общего с клиникой неспецифического язвенного колита, но в зависимости от локализации, протяженности поражения, длительности болезни имеет свои особенности. Заболевание чаще развивается постепенно, характеризуется волнообразным рецидивирующим течением, сопровождается болью в животе, диареей, наличием крови, гноя и слизи в стуле, лихорадкой, снижением массы тела, нарастающей анемизацией больного. Для болезни Крона толстой кишки характерна выраженная диарея, которая часто предшествует гемоко-литу, схваткообразная боль в животе во время акта дефекации, примесь в каловых массах большого количества гноя и темной крови (из прокси мального отдела толстой кишки). Стул зловонный, из-за большого количества жира и пузырьков газа кал обычно плавает в воде. Диарея обусловливает развитие признаков нарушения всасывания витаминов, электролитов. Иногда основными клиническими симптомами бывают поражения анальной и перианальной областей, проявляющиеся анальным зудом, глубокими трещинами, сфинктеритами, парапроктитами, фистулами, абсцессами. В результате образования в кишечной стенке глубоких щелевидных язв часто формируются кишечные свищи, прикрытые перфорации, межкишечные спайки с образованием инфильтратов в брюшной полости.

При осмотре больного ребенка в большинстве случаев отмечается отставание массы тела, иногда — задержка роста и полового развития. Могут отмечаться поражения глаз (увеит, ирит, конъюнктивит) и кожи (пиодермия, узловатая эритема), признаки гиповитаминоза. Живот чаще мягкий, несколько вздут, определяется болезненность вокруг пупка и в правой подвздошной области.

Течение болезни Крона у детей чаще вялое, но неуклонно прогрессирующее, острые формы терминального илеита встречаются редко.