Ключевой признак болезни Крона при па-толого-анатомическом исследовании — неспецифическое воспаление всей толщи стенки пораженного органа. Обычно трансмуральный характер поражения прослеживается уже на ранних стадиях заболевания. Макроскопическая картина болезни Крона характеризуется утолщенной, отечной брыжейкой: пальцевидные выпячивания утолщенной брыжейки характерно распространяются по всей серозной оболочке. Брыжеечные лимфатические узлы могут спаиваться вместе, образуя конгломераты. В пораженной брыжейке и на серозной оболочке иногда бывают видны расширенные лимфатические сосуды. Состояние слизистой оболочки определяется тяжестью заболевания и распространенностью процесса. При вскрытии пораженного сегмента кишки в одних случаях обнаруживают лишь незначительную гиперемию и отек слизистой оболочки, в других — архитектура слизистой оболочки нарушается за счет узловатого (бугристого) отека, перемежающегося с глубокими язвами. Язвы, как правило, линейные, напоминающие по форме следы грабель, имеют тенденцию распространяться в продольном направлении. Они могут наблюдаться и на фоне неизмененной слизистой оболочки. Язвы различны по глубине, но чаще всего проникают в подслизистый и мышечный слои, где, соединяясь между собой, образуют большой интраму-ральный канал. В связи с этим серозная оболочка и брыжейка регулярно воспаляются. Отсюда одна из характерных черт болезни Крона — тенденция пораженных петель спаиваться между собой перитонеальными фиброзными тяжами. Адгезивный процесс часто осложняется свищами, которые можно рассматривать как вторую характерную особенность болезни Крона.

Предполагается, что свищи берут свое начало от язв, которые постепенно проникают в серозную оболочку и соседние петли кишок. Такие свищи образуются между петлями толстой и тонкой кишки или между петлями тонкой. Они могут пенетрировать кожу и выходить наружу. Наиболее частыми местами расположения наружных отверстий свищевых ходов считаются пупок и промежность. Если при болезни Крона поражается прямая кишка, язвы, образовавшиеся в ректальных криптах, могут проникать в параректальную клетчатку, формируя абсцесс, или в анальный канал, где поражаются сфинктеры и поддерживающие их мышцы.

Прерывистый (сегментарный) характер воспаления наблюдается у 75—85% больных болезнью Крона. В отрезке кишки, расположенном между двумя пораженными сегментами, как правило, не выявляется ни макроскопических, ни микроскопических изменений. Однако отмечено, что неизмененный участок кишки, расположенный проксимальнее пораженного сегмента, часто бывает расширен.

Микроскопически болезнь Крона проявляется воспалительной инфильтрацией, распространяющейся в глубокие слои кишечной стенки. Несмотря на трансмуральный характер поражения, наибольшие изменения выявляют в подслизистом слое, который в результате отека значительно утолщается. При прогрессировании процесса в нем находят гиалинизацию сосудов и фиброз. Наиболее полную информацию о болезни Крона при гистологическом исследовании дают щелевидные язвы и гранулемы с многоядерными гигантскими клетками.

Результаты многочисленных исследований показывают, что гранулемы при болезни Крона можно обнаружить во всех слоях кишечной стенки, а также в лимфатических узлах и брыжейке. Процент выявления гранулем колеблется от 40 до 85. В биоптатах они определяются значительно реже, чем в макропрепаратах.