Этиология заболевания неизвестна. Важное значение в патогенезе придается генетическим факторам, прежде всего генетически детерминированным аномалиям функции нейтрофиль-ных фагоцитов, которые при болезни Крона обладают более низкой, чем у здоровых, фагоцитарной активностью. Установлена определенная связь заболевания с генетически обусловленными маркерами — антигенами главного комплекса гистосовместимости HLA. Предполагается, что при болезни Крона возникает специфический, ассоциированный только с этим заболеванием антиген, имеющий детерминанты с нативным кишечным эпителием. Аутоиммунные процессы при болезни Крона приобретают патологический характер и приводят к развитию тяжелых системных и локальных воспалительных реакций в слизистой кишечника.

Характерной особенностью болезни Крона является очаговое поражение с четкими границами между пораженными и здоровыми участками. Гиперемированные, бугристые, с умеренной кровоточивостью участки чередуются с нормальной слизистой оболочкой. Вначале поражается подслизистый слой с постепенным вовлечением в процесс мышечного и субсерозного слоев. Отмечаются утолщение и отек кишечной стенки, образование гранулем с эпителиоидными клетками, лишенными казе-озной основы, поражаются лимфатические сосуды. В результате просвет кишки сужается, образуются свищи, спайки, язвы.